Ngày 2/8/1955, Thủ tướng Chính phủ nước Việt Nam dân chủ cộng hoà ban hành Nghị định số 566/TTg thành lập Ban Tôn giáo trực thuộc Phủ Thủ tướng (tiền thân của Ban Tôn giáo Chính phủ ngày nay) để giúp Thủ tướng phối hợp với các ngành ở TW và theo dõi hướng dẫn, đôn đốc các địa phương trong việc triển khai thực hiện các chủ trương, chính sách về tôn giáo; làm đầu mối liên hệ với các ngành chức năng, vận động đồng bào tôn giáo đấu tranh chống cưỡng ép tín đồ tôn giáo ở miền Bắc di cư vào miền Nam; vận động chức sắc tín đồ tôn giáo tham gia kiến thiết đất nước sau chiến tranh lập lại hòa bình ở miền Bắc, đấu tranh với thực dân mới và chính quyền Sài Gòn đòi thi hành Hiệp định Giơnevơ ở miền Nam giành độc lập, thống nhất đất nước.

Trải qua 63 năm (2/8/1955 – 2/8/2018), hoạt động dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo của Bộ Chính trị, Ban Bí thư và Chính phủ, ngành QLNN về tôn giáo đã không ngừng phấn đấu, xây dựng và trưởng thành, vượt qua muôn vàn khó khăn để  thực hiện bằng được nhiệm vụ chính trị là tham mưu cho Đảng và Nhà nước về chủ trương, chính sách đối với tôn giáo; thực hiện việc QLNN đối với các hoạt động tôn giáo; góp phần đấu tranh chống các hoạt động lợi dụng tôn giáo của các thế lực thù địch vào mục đích chính trị, đặc biệt là việc động viên tín đồ, chức sắc, tu sĩ các tôn giáo tham gia đóng góp rất quan trọng trong công cuộc xây dựng và bảo vệ Tổ quốc dưới sự lãnh đạo của Đảng và Chủ tịch Hồ Chí Minh vĩ đại.

Để phát huy vai trò và truyền thống của ngành quản lý nhà nước về tôn giáo, động viên cán bộ, công chức ngành quản lý Nhà nước về tôn giáo theo đề nghị của Trưởng Ban Tôn giáo Chính phủ, ngày 27 tháng 5 năm 2005, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 445/2005/QĐ-TTg về việc lấy ngày 02 tháng 8 hàng năm là “Ngày truyền thống của ngành quản lý Nhà nước về tôn giáo”.

Từ sau ngày đất nước được hoàn toàn giải phóng 30/4/1975, tại tỉnh Gia Lai- Kon Tum với nhiệm vụ ổn định tình hình địa phương tiến hành xây dựng củng cố bộ máy đảng, chính quyền cách mạng các cấp, ổn định sinh hoạt và đời sống của nhân dân các dân tộc trong tỉnh; công tác tôn giáo đã được Đảng bộ, chính quyền các cấp quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo nhằm thực hiện chủ trương, chính sách của Đảng, nhà nước về tôn trọng quyền tự do tín ngưỡng tôn giáo  và không tín ngưỡng tôn giáo của nhân dân; đồng thời đấu tranh ngăn chặn kịp thời mọi âm mưu lợi dụng tôn giáo của các thế lực thù địch nhằm chống phá chính quyền cách mạng còn non trẻ; đứng trước tình hình cách mạng giai đoạn mới, nhằm đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ, bộ máy tổ chức chuyên trách làm công tác tôn giáo của tỉnh nhà đã được hình thành trực thuộc Ban Dân vận và Mặt trận tỉnh; sau đó là Tiểu Ban công tác Tôn giáo thuộc Ban Dân vận Tỉnh uỷ. Đến cuối năm 1986, UBND tỉnh Gia Lai - Kon Tum chính thức ra Quyết định thành lập Ban Tôn giáo tỉnh nhưng chỉ hoạt động đến cuối năm 1988 giải thể và chuyển về thành bộ phận phụ trách công tác tôn giáo thuộc Uỷ ban Mặt trận Tổ quốc Việt Nam tỉnh.

Ngày 4/6/1993 Chính phủ ban hành Nghị định số 37/NĐ-CP quy định về nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy Ban Tôn giáo chính phủ. Trên cơ sở đó, ngày 04/4/1994, UBND tỉnh Kon Tum ban hành Quyết định số 22/QĐ-UB về việc thành lập Ban Tôn giáo tỉnh Kon Tum với chức năng là cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, chịu trách nhiệm trước UBND tỉnh và thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về các hoạt động tôn giáo theo quy định của pháp luật.

Cuối năm 2000, thực hiện sự chỉ đạo của Trung ương, ngày 18/12/2000, UBND tỉnh ban hành Quyết định số 45/2000/QĐ-UB thành lập Ban Dân tộc - Tôn giáo tỉnh trên cơ sở sáp nhập Ban Tôn giáo tỉnh với bộ phận dân tộc của Chi cục Dân tộc, định canh định cư và vùng kinh tế mới ( thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn).

Thực hiện Thông tư 25/2004/TT-BNV ngày 19/4/2004 của Bộ Nội vụ; căn cứ vào tình hình thực tế tại địa phương và trên cơ sở Đề án kiện toàn tổ chức bộ máy cán bộ làm công tác tôn giáo đã  được HĐND tỉnh phê duyệt Ban Tôn giáo tỉnh được thành lập lại. Ở cấp huyện, trên cơ sở Quyết định số 08/2005/QĐ-UB, ngày 28/2/2005 của UBND tỉnh về việc tổ chức lại các cơ quan chuyên môn thuộc UBND huyện, thị xã của tỉnh Kon Tum, UBND các huyện, thị xã đã ra Quyết định thành lập Phòng Dân tộc - Tôn giáo huyện, riêng thị xã thành lập Phòng Tôn giáo.

Năm 2008, thực hiện Nghị định số 13/2008/NĐ-CP ngày 04/02/2008, Nghị định số 14/2008/NĐ-CP ngày 04/02/2008 của Chính phủ; Thông tư số 04/2008/TT-BNV và 06/2008/TT-BNV của Bội Nội vụ; Đề án số 245/ĐA-UBND của UBND tỉnh, ngày 26/3/2008 Ban Tôn giáo tỉnh đã sáp nhập thành phòng chuyên môn trực thuộc Sở Nội vụ đến ngày 27/4/2010 UBND tỉnh ban hành Quyết định số 17/2010/QĐ-UBND về việc thành lập Ban Tôn giáo trực thuộc Sở Nội vụ tỉnh Kon Tum. Bộ phận làm công tác tôn giáo thuộc Phòng Dân tộc - Tôn giáo các huyện, thị xã trước đây được sáp nhập vào Phòng Nội vụ các huyện, thị xã.

Năm 2015, thực hiện Thông tư số 15/2014/TT-BNV ngày 31/10/2014 của Bộ trưởng Bộ Nội vụ Hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Nội vụ thuộc UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; phòng Nội vụ thuộc UBND huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, ngày 20/8/2015 UBND tỉnh Kon Tum ban hành Quyết định số 484/QĐ-UBND về việc tổ chức lại Ban Tôn giáo trực thuộc Sở Nội vụ tỉnh Kon Tum.

Đến năm 2021, thực hiện Nghị định số 107/2020/NĐ-CP ngày 14/9/2020 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 24/2014/NĐ-CP ngày 04/4/2014 của Chính phủ quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; ngày 26/3/2021, UBND tỉnh ban hành Quyết định số 227/QĐ-UBND về việc tổ chức lại các đơn vị thuộc, trực thuộc Sở Nội vụ tỉnh Kon Tum, trong đó: thống nhất giữ lại Ban Tôn giáo là đơn vị trực thuộc Sở Nội vụ.

Hiện nay, Ban Tôn giáo có 12 công chức (lãnh đạo 02 người, chuyên viên tham mưu 10 người); công chức của Ban đều có trình độ chuyên môn Đại học và đa số đã trải qua các lớp bồi dưỡng nghiệp vụ công tác tôn giáo do Ban Tôn giáo Chính phủ tổ chức; tại Văn phòng UBND tỉnh có 02 cán bộ, công chức kiêm nhiệm; cấp huyện có 28 cán bộ, công chức làm công tác quản lý nhà nước về tôn giáo, trong đó: chuyên trách là 14 người, kiêm nhiệm 14 người; cấp xã có 141 cán bộ, công chức làm công tác quản lý nhà nước về tôn giáo, trong đó chuyên trách là 04 người, kiêm nhiệm 137 người.

Lãnh đạo Ban Tôn giáo tỉnh Kon Tum qua các thời kỳ:

- Từ năm 1994-1997: Đồng chí Nguyễn Thanh Thêu;

- Từ năm 1997-1999: Đồng chí Đặng Ngọc Thắng;

- Từ năm 1999-2008: Đồng chí Nguyễn Huỳnh;

- Từ năm 2008-2017: Đồng chí Phạm Văn Long;

- Từ năm 2017 đến nay: Đồng chí Vũ Quang Dũng.

Trong những năm qua, được sự quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo của Tỉnh ủy và UBND tỉnh cán bộ, công chức làm công tác quản lý nhà nước về tôn giáo đã đoàn kết, nỗ lực phấn đấu và đã hoàn thành tốt chức năng, nhiệm vụ được giao, chủ động tham mưu cho UBND tỉnh chỉ đạo triển khai thực hiện có hiệu quả các chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước về tôn giáo; xem xét, tạo điều kiện cho các tổ chức tôn giáo được sinh hoạt tôn giáo bình thường theo đúng quy định của pháp luật; giải quyết kịp thời các nhu cầu, kiến nghị chính đáng của tổ chức, cá nhân tôn giáo và các vấn đề phát sinh liên quan đến tôn giáo… Vì vậy, hoạt động của các tôn giáo diễn ra bình thường, ổn định theo quy định của pháp luật, góp phần giữ vững an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội trên địa bàn tỉnh. Ghi nhận những thành tựu đạt được, trong những năm qua tập thể Ban Tôn giáo (Sở Nội vụ) tỉnh Kon Tum được Ban Tôn giáo Chính phủ và UBND tỉnh tặng nhiều bằng khen và giấy khen về thành tích xuất sắc trong công tác quản lý nhà nước về tôn giáo.