Đạo Cao đài có nhiều hệ phái; mỗi phái lập Giáo hội riêng. Đa số các phái của đạo Cao đài xây dựng giáo hội theo Pháp Chánh truyền - Tân Luật. Trong phạm vi bài viết này, sẽ tìm hiểu tổ chức Giáo hội theo Pháp Chánh truyền - Tân Luật của hệ phái Cao đài Tây Ninh (là một hệ phái có số lượng tín đồ đông nhất trong các hệ phái Cao đài hiện nay).

          Theo quy định của đạo Cao đài, ở cấp Trung ương sẽ có ba đài, gồm: Bát quái đài (phần vô hình); Hiệp thiên đài và Cửu trùng đài (phần hữu hình). Đi sâu vào tìm hiểu được biết:

          (1) Bát Quái đài (phần vô hình) là nơi thờ phượng của đạo gồm các vị Thánh, Thần, Tiên, Phật do Lý Thái Bạch (còn gọi là Lý Đại Tiên) thay mặt Thượng Đế làm chưởng quản.

          (2) Hiệp Thiên đài  vừa là cơ quan lập pháp vừa là cơ quan tư pháp. Về mặt lập pháp, thông thường trước khi ban hành những điều về nội dung tôn giáo hoặc liên  quan đến xã hội, Hiệp Thiên đài tổ chức cầu cơ hiệp thông với Đấng Thiêng liêng để được chỉ giáo.

          Đứng đầu Hiệp Thiên đài là chức Hộ pháp. Dưới hộ Pháp sẽ có hai chức: Thưởng phẩm và Thượng Sanh. Dưới 02 chức này sẽ có 12 vị thời quân (thường gọi là thập nhị thời quân) thuộc 03 chi: Pháp - Đạo- Thế, cụ thể: (01) Chi pháp do Hộ pháp trực tiếp phụ trách, chuyên lo về Luật pháp, gồm có 04 chức sắc trong 12 vị thời quân là: tiếp pháp, khai pháp, bảo pháp, hiến pháp; (2) Chi Đạo do Thượng phẩm trực tiếp phụ trách, chuyên lo về việc hành đạo, gồm có 04 chức sắc trong 12 vị thời quân là: tiếp đạo, khai đạo, bảo đạo, hiến đạo; (3) Chi Thế do Thượng sanh trực tiếp phụ trách, chuyên  lo việc đào tạo huấn luyện, kế thừa nền đạo, gồm có 04 chức sắc trong 12 vị thời quân là: tiếp thế, khai thế, bảo thế và hiến thế.

          Dưới 03 chi Pháp - Đạo - Thế sẽ có các cơ quan giúp việc như: (1) Bộ Chánh pháp với các chức sắc như: Luật sư, Sỹ tải, Truyền trạng, Thừa sử, Giám đạo, Cải trạng, Chưởng ấn, Tiếp dẫn đạo nhân; (2) Hàn Lâm viện với 12 chức sắc chuyên môn còn gọi là thập nhị bảo quân gồm: Bảo sanh quân, bảo tinh quân, bảo cơ quân, bảo văn pháp quân, hảo huyền linh quân, bảo vật quân, bảo học quân, bảo y quân, bảo sỹ quân, bảo nông quân, bảo công quân, bảo thương quân.

          (3) Cửu Trùng đài là cơ quan hành pháp gồm có 09 viện: Hộ - Lương- Công,  Học - Y - Nông, Hòa - Lại- Lễ. Chức sắc của Cửu Trùng đài chia ra làm 03 ngành gồm:  Thái (thuộc Phật), Thượng (thuộc Lão), Ngọc (thuộc Nho); mỗi ngành nắm 03 viện, cụ thể: Ngành Thái nắm ba viện Hộ - Lương- Công; ngành Thượng nắm ba viện Học - Y - Nông; ngành Ngọc nắm 03 viện Hòa - Lại- Lễ.

          Đứng đầu Cửu Trùng đài là chức Giáo tông, tương đương với chức Thủ tướng hoặc Tổng thống. Trong  Cửu Trùng đài, hàng ngũ chức sắc có 09 bậc (gọi là cửu phẩm), mỗi bậc có một số lượng nhất định, được chia đều cho 03 ngành, sắp xếp theo hàm phẩm bậc cao thấp như sau: Giáo tông 01 vị, Chưởng pháp 03 vị, Đầu sư 03 vị, Phối sư 36 vị, Giáo sư 72 vị, Giáo hữu 3.000 vị, Lễ sanh không có hạn định, dưới Lễ sanh là Chánh Trị sự, Phó Trị sự (Trong pháp Chánh truyền có ghi bài Cơ bút nói về hàng chức sắc Cửu trùng đài: "Nhất Phật" (Giáo tông), "Tam tiên" (có 03 đầu sư), "tam thập lục thánh (36 phối sư); "Thất thập nhị hiền"  (72 giáo sư); "Tam thiên đồ đệ" (3000 giáo hữu). Để giám sát việc hành pháp của Cửu trùng đài, Hiệp thiên đài đã đặt ra một số chức sắc của mình trong hệ thống Cửu trùng đài. Đó là chức Chưởng pháp ở giữa chức Giáo tông và chức Đầu sư. Ngược lại cũng để giám sát công việc của Hiệp thiên đài, Cửu trùng đài đặt hai chức thượng phẩm, thượng sanh giữa hộ pháp và thập nhị thời quân).

          Khi đạo Cao đài bắt đầu phát triển mạnh, nhất là thời kỳ dưới chế độ Sài Gòn, những người lãnh đạo đạo Cao đài Tây Ninh còn cho lập ra nhiều tổ chức như: Hội phước thiện làm nhiệm vụ từ thiện xã hội; Ban thế đạo, Cơ thánh vệ, Cơ bảo mật, Cơ bảo thể, Cơ bảo phòng... làm nhiệm vụ an ninh trật tự, bảo mật và các cơ quan văn hóa xã hội như: báo chí, nhà xuất bản, nhà in, hệ thống giáo dục từ Tiểu học đến đại học, đài Phát thanh, bệnh viện, cô nhi viện, viện dưỡng lão và các cơ sở y btế, công thương nghiệp...

          Việc duy trì quyền lực của lãnh đạo Giáo hội đạo Cao đài được duy trì và thực hiện theo chế độ "tam viên" là:  Hội nhơn sanh, Hội thánh và Thượng hội, trong đó: (1) Hội Nhơn sanh bao gồm đại biểu tín đồ được cử từ các Họ đạo; Hội Nhơn sanh họp mỗi năm một lần vào rằm tháng bảy; (2) Hội thánh bao gồm phẩm chức sắc từ Giáo hữu đến Chánh phối sư của Cửu trùng đài và các chức phẩm tương đương của Hiệp thiên đài; Hội thánh mỗi năm họp một lần vào rằm tháng mười; (3) Thượng hội gồm các chức sắc từ phẩm Đầu sư trở lên của Cửu trùng đài và các chức phẩm tương đương của Hiệp Thiên đài. Thượng hội mỗi năm họp một lần vào rằm tháng giêng. Bên cạnh đó còn có Hội Vạn linh gồm đại biểu của Hội Nhơn sanh, Hội thánh và Thượng hội. Hội vạn linh họp bất thường để giải quyết những công việc trọng đại của đạo và bầu giáo tông (nếu khuyết). Hội Vạn linh được coi là ngang quyền với Đức chí tôn tại thế.

          Qua tìm hiểu cho thấy cơ cấu Giáo hội của đạo Cao đài tương đối rườm rà, cầu kỳ. Song cũng thể hiện được tính hệ thống, thống nhất trong bộ máy, vì vậy về cơ bản cũng đã góp phần làm tăng sức mạnh cho đạo Cao đài so với sự rời rạc trong cơ cấu tổ chức của một số tôn giáo khác.