Mặc dù du nhập vào Kon Tum muộn hơn đạo Công giáo và Phật giáo. Tuy nhiên, khi đến với tỉnh Kon Tum đạo Tin lành lại phát triển nhanh hơn vào vùng đồng bào dân tộc thiểu số (DTTS) so với các tôn giáo khác.  

Năm 1959, các nhà truyền giáo từ Trung tâm Đà Nẵng đến Kon Tum để giảng đạo nhưng gặp nhiều khó khăn vì thiếu người am hiểu về phong tục tập quán, ngôn ngữ của đồng bào DTTS. Đến tháng 02/1960, ông bà Nguyễn Văn Tửu đến giảng đạo cho người Jẻ Triêng, Xê Đăng, Hà Lăng ở làng Đăk Sút (nay thuộc xã Đăk Kroong, huyện Đăk Glei). Mấy tháng sau, một bác sĩ người nước ngoài tên Harverson và ông Doy Spragett từ Hồng Kông đến huyện Đăk Glei để truyền đạo nhưng chỉ được 03 tuần đã chuyển về Ba Tơ (tỉnh Quảng Ngãi) vì nhà ở của họ bị một người lạ mặt đốt cháy.

Trong thời gian này (năm 1960), Đại hội đồng Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam) được tổ chức và đã có quyết định thành lập địa hạt Thượng du cho các dân tộc ở khu vực Tây Nguyên; theo sự phân công của Hội thánh Trung ương thì ông Nguyễn Văn Tửu phụ trách khu vực Đăk Sút; ông Trí - Hạnh phụ trách khu vực xã Đăk Choong thuộc huyện Đăk Glei; ông Phạm Minh Ân phụ trách ở Đăk Glei.  Về sau, do quá trình di dân nên đạo Tin lành đã mở rộng đến vùng có người Kinh sinh sống ở nội thị Kon Tum và các vùng lân cận khác.

Trong những buổi đầu, chỉ có 05 hệ phái Tin lành du nhập đến Kon Tum (hệ phái Tin lành Truyền giáo Cơ đốc; Tin lành Việt Nam (miền Nam); Tin lành Cơ đốc Liên hữu; Tin lành Bắp tít và Cơ đốc Phục Lâm An thất nhật); các hệ phái Tin lành này đến Kon Tum cùng một thời điểm vào những năm 1950, 1960; trong khi các hệ phái: Tin lành Việt Nam (miền Nam), Tin lành Cơ đốc Liên hữu, Tin lành Bắp tít và Cơ đốc Phục Lâm An thất nhật tập trung phát triển tín đồ tại khu vực thành phố Kon Tum thì hệ phái Tin lành Truyền giáo Cơ đốc Việt Nam lại phát triển tín đồ tại khu vực huyện Đăk Glei.

Hiện nay, trên địa bàn tỉnh có 13 hệ phái Tin lành, trong đó có 07 hệ phái đã được công nhận tổ chức tôn giáo ở cấp trung ương (gồm: Tin lành Việt Nam miền Nam; Truyền giáo Cơ đốc Việt Nam; Liên hữu Cơ đốc; Trưởng Lão; Giáo hội Bắp tít Việt Nam; Menonite; Cơ đốc Phục Lâm) và 06 hệ phái chưa được công nhận tổ chức tôn giáo ở cấp trung ương (gồm: Bắp tít Liên hiệp; Truyền giảng Phúc âm; Liên đoàn Truyền giáo Phúc âm; Giám lý Liên hiệp; Liên hiệp Truyền giáo và Phúc âm Đời đời).  

Tổng số tín đồ của các hệ phái Tin lành trên địa bàn tỉnh hiện có 17.920 người; có 03 sở tôn giáo (trong đó Tin lành Việt Nam (miền Nam) 02 cơ sở; Tin lành Truyền giáo Cơ đốc 01 cơ sở); có 90 chức sắc (trong đó Tin lành Việt Nam (miền Nam) có 02 chức sắc; Tin lành Cơ đốc Phục Lâm có 01chức sắc; Tin lành Trưởng Lão 02 chức sắc và Tin lành  Truyền Giáo Cơ Đốc 85 chức sắc); có 101 điểm của các hệ phái Tin lành đã được UBND cấp xã xem xét, giải quyết cho đăng ký sinh hoạt tôn giáo tập trung và có 12 “nhóm” thuộc 06 hệ phái Tin lành chưa được công nhận về mặt tổ chức ở cấp trung ương với 1.225 tín đồ đang sinh hoạt tại gia đình. Tuy nhiên, để tạo điều kiện cho các “nhóm” này trong sinh hoạt tôn giáo, vào các dịp lễ trọng như Giáng sinh, Phục sinh, chính quyền địa phương đều hướng dẫn đại diện gia đình tín đồ hay phụ trách các “nhóm” đăng ký với chính quyền địa phương về nội dung tổ chức lễ nếu có nhu cầu để được xem xét, tạo điều kiện cho tổ chức lễ, đáp ứng  nhu cầu sinh hoạt tôn giáo của tín đồ.

          Nhìn chung, trong thời gian qua, chức sắc, tín đồ  của các hệ phái Tin lành trên địa bàn tỉnh Kon Tum đã chấp hành tốt đường lối, chủ trương của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước; thực hiện các hoạt động, sinh hoạt tôn giáo tuân thủ quy định của pháp luật; hiến chương, nội quy của giáo hội; tích cực tham gia các hoạt động từ thiện, nhân đạo và các phong trào thi đua yêu nước do địa phương phát động.